8 września 2000 r. zostaje uchwalona ustawa o komercjalizacji, restrukturyzacji i prywatyzacji przedsiębiorstwa państwowego „Polskie Koleje Państwowe". Art. 15 § 1 stanowi: PKP S.A. utworzy spółkę akcyjną do prowadzenia działalności w zakresie zarządzania liniami kolejowymi, funkcjonującą pod nazwą „PKP Polskie Linie Kolejowe Spółka Akcyjna”. Akt zawiązania i Statut Spółki Akcyjnej PKP Polskie Linie Kolejowe został podpisany 29 czerwca 2001 roku. Do końca września 2001 roku spółka używała nazwy "PKP Polskie Linie Kolejowe S.A. w organizacji". Od dnia 1 października 2001 roku spółka rozpoczęła działalność pod nazwą PKP Polskie Linie Kolejowe S.A., podczas gdy Dyrekcja Infrastruktury Kolejowej stała się firma "w likwidacji". 1 października 2001 r. nastąpiło rozpoczęcie działalności statutowej PKP Polskich Linii Kolejowych S.A.

PKP Polskie Linie Kolejowe S.A. są zarządcą narodowej infrastruktury kolejowej, którą udostępniają na podstawie umów zawieranych z licencjonowanymi przewoźnikami kolejowymi, na równoprawnych zasadach. Udostępnianie odbywa się według zasad określonych w ustawie o transporcie kolejowym i rozporządzeniu Ministra Infrastruktury i Rozwoju w sprawie warunków dostępu i korzystania z infrastruktury kolejowej. Podstawowym produktem PKP Polskich Linii Kolejowych S.A. jest rozkład jazdy, sprzedawany jako trasa pociągu, układana na zamówienie przewoźnika kolejowego. W procesie udostępniania linii kolejowych, zarządzanych przez PKP Polskie Linie Kolejowe S.A., wykorzystywane są systemy eksploatacyjne umożliwiające rejestrowanie, nadzorowanie i bieżące zarządzanie ruchem pociągów. PKP Polskie Linie Kolejowe S.A. dbają o stałe podwyższanie stanu technicznego urządzeń sterowania ruchem kolejowym i bezpieczeństwo w prowadzeniu ruchu kolejowego z poszanowaniem środowiska naturalnego. Działalność inwestycyjna PKP Polskich Linii Kolejowych S.A., jako zarządcy narodowej sieci linii kolejowych, ma na celu wzrost sprawności i wydajności systemu transportowego kraju, poprzez realizację szeroko pojętego programu modernizacji linii kolejowych.

Kalendarium:

8 września 2000 – uchwalenie ustawy o komercjalizacji, restrukturyzacji i prywatyzacji przedsiębiorstwa państwowego „Polskie Koleje Państwowe". Art. 15 par. 1 stanowi: PKP S.A. utworzy spółkę akcyjną do prowadzenia działalności w zakresie zarządzania liniami kolejowymi, działającą pod firmą „PKP Polskie Linie Kolejowe Spółka Akcyjna", zwaną dalej „PLK S.A.". 29 czerwca 2001 - zawiązanie przez PKP S.A. spółki „PKP Polskie Linie Kolejowe Spółka Akcyjna". Akt notarialny (repertorium A nr 1294/2001) podpisali: prezes Zarządu PKP S.A. Krzysztof Celiński i wiceprezes Wiesław Protasewicz.

1 października 2001 – rozpoczęcie działalności statutowej spółki. PKP Polskie Linie Kolejowe S.A. podpisują pierwsze umowy z przewoźnikami Grupy PKP: PKP Cargo S.A., PKP Intercity Sp. z o.o., PKP Przewozy Regionalne Sp. z o.o.

Luty 2002 – otwarcie zarządzanej przez PKP Polskie Linie Kolejowe S.A. infrastruktury na przewoźników spoza PKP: podpisanie umowy z Dyrekcją Eksploatacji Cystern Sp. z o.o. Do końca 2002 roku PKP Polskie Linie Kolejowe S.A. podpisały umowy z 15 przewoźnikami spoza Grupy PKP.

Kwiecień 2004 – przystąpienie spółki do RailNetEurope (RNE) - międzynarodowej organizacji zrzeszającej zarządców infrastruktury kolejowej.

Wrzesień 2004 – przystąpienie do projektu „Schengenrail". PKP Polskie Linie Kolejowe S.A. obejmują przewodnictwo w projekcie. 

Styczeń 2005 – zawarcie Układu Zbiorowego Pracy dla pracowników PKP Polskie Linie Kolejowe S.A. W zawieraniu Układu Zbiorowego Pracy uczestniczyły 24 organizacje związkowe, działające w PLK.

Czerwiec 2005 – rozpoczęcie pierwszej edycji kampanii Bezpieczny przejazd - „Zatrzymaj się i żyj!".

Maj 2008 – przedstawiciel PLK obejmuje prezydencję Światowej Platformy Ochrony UIC.

Wrzesień 2008 – zakończenie I etapu modernizacji linii kolejowej Warszawa - Łódź, na odcinku Skierniewice - Łódź Widzew.

19 grudnia 2008 – Rada Ministrów przyjmuje Master Plan dla transportu kolejowego w Polsce do 2030 roku. Plan określa strategiczne cele i wytyczne do ich osiągnięcia; to pierwszy w historii polskich kolei dokument tak wysokiej rangi. PKP Polskie Linie Kolejowe S.A. brały udział w jego przygotowaniu.

31 grudnia 2008 – zakończenie modernizacji linii kolejowej E 20, odcinek Mińsk Mazowiecki - Siedlce (projekt nr 2000/PL/16/P/ PT/002).

Styczeń 2009 – uruchomienie zintegrowanego systemu SAP ERP, moduł Sprzedaż i Dystrybucja, gromadzącego wiedzę o wszystkich kontrahentach, umowach i obrotach Spółki.

26 sierpnia 2009 – rozpoczęcie wdrażania na sieci zarządzanej przez PKP Polskie Linie Kolejowe S.A. systemu ERTMS (Europejski System Zarządzania Ruchem Kolejowym) w zakresie ETCS (Europejski System Sterowania Pociągiem) poziom 1.

10 października 2009 – uroczyste otwarcie zmodernizowanego mostu w Bolesławcu, na linii kolejowej E 30 - jednego z największych kamiennych mostów kolejowych w Europie.

Styczeń 2010 – w Spółce powstaje Centrum Realizacji Inwestycji, odpowiedzialne za realizację inwestycji, w tym finansowanych z funduszy pomocowych Unii Europejskiej.

Styczeń 2010 – wdrożenie systemu zarządzania kapitałem ludzkim (moduł SAP ERP HCM), umożliwiającego kompleksową obsługę procesu szkolenia i dokształcania, optymalne planowanie potrzeb szkoleniowych, rozliczanie kosztów.

23 lutego 2010 – podpisanie Europejskiej Karty Bezpieczeństwa. 13 maja 2010 - rozpoczęcie pilotażowego wdrożenia systemu ERTMS w zakresie ETCS poziom 2.

Czerwiec 2010 – przystąpienie do Stowarzyszenia Europejskich Zarządców Infrastruktury Kolejowej EIM (European Infrastructure Managers).

30 grudnia 2010 – spółka PKP Polskie Linie Kolejowe S.A. uzyskuje prawo własności swojej siedziby przy ulicy Targowej 74 w Warszawie.

Grudzień 2010 – prezes Urzędu Transportu Kolejowego akceptuje System Zarządzania Bezpieczeństwem (SMS) PKP Polskich Linii Kolejowych S.A. i wydaje autoryzację bezpieczeństwa.

11 stycznia 2011 –  w siedzibie PKP Polskich Linii Kolejowych S.A. w Warszawie na inauguracyjnym posiedzeniu spotkała się Rada Przewoźników.

28 lutego 2011 – otwarcie przejścia podziemnego pod stacją Warszawa Gdańska - pierwszego obiektu integrującego wszystkie środki transportu miejskiego, w tym metra, z koleją. 

9 czerwca 2011 – organizacja po raz pierwszy w Polsce II Światowego Dnia Bezpieczeństwa na Przejazdach Kolejowo-Drogowych (International Level Crossing Awareness Day).

3 czerwca 2012 – uruchomienie połączenia kolejowego na Lotnisko Chopina w Warszawie.

8 czerwca – 1 lipca 2012 – zapewnienie ciągłości ruchu pociągów i sprawnej obsługi pasażerów-kibiców podczas Mistrzostw Europy w Piłce Nożnej 2012. 

Październik 2012 – uruchomienie Centrum Zarządzania Ruchem Kolejowym.

Kwiecień 2013 – po raz pierwszy prace nad nowym rozkładem jazdy przeprowadzono całkowicie w oparciu o elektroniczny System Konstrukcji Rozkładów Jazdy.

Maj 2013 – uruchomienie połączenia kolejowego ze Szczecina do Portu Lotniczego Szczecin - Goleniów.

24 listopada 2013 – Na CMK ustanowiono rekord prędkości pojazdu szynowego na torach Europy Wschodniej (ED250-001) - 293,0 km/h.

Grudzień 2014 – uruchomienie szybkich podróży pociągami Pendolino na trasach: Warszawa - Gdynia, Warszawa - Katowice, Warszawa - Kraków, Warszawa - Wrocław.

Luty 2015 – kampania społeczna Bezpieczny przejazd – „Szlaban na ryzyko” prowadzona przez PKP Polskie Linie Kolejowe S.A. uzyskała wyróżnienie za działalność zwiększającą bezpieczeństwo na drogach w ramach Europejskiej Karty Bezpieczeństwa Ruchu Drogowego.

Maj 2016 – PKP Polskie Linie Kolejowe S.A. otrzymały nagrodę Innowacja 2016: SAP Innovation Award za aplikację SAP HANA.

Maj 2016 – System Konstrukcji Rozkładów Jazdy, autorski projekt PKP Polskich Linii Kolejowych S.A. zajął drugie miejsce wśród dziewiętnastu projektów cyfryzacyjnych, zaprezentowanych podczas europejskich targów cyfryzacji w Brukseli.

26 - 31 lipca 2016 – zapewnienie ciągłości ruchu pociągów i sprawnej obsługi pasażerów-pielgrzymów podczas Światowych Dni Młodzieży w Krakowie.

Zobacz także: